APM je Atom Package Manager. Je to taková obdoba NPM (Node Package Manager). A není se co divit. Atom stojí na NodeJS. A ta provázanost jde znát.
Instalace rozšiřujících balíčků, ale i grafických témat probíhá buď přímo z Atomu, ale právě i skrze příkaz apm:

Takto se třeba do Atomu doinstaluje balíček s vylepšenou podporou pro Git.